Op de Franciscusschool is het onderwijs ingedeeld per leerjaar. Soms maken we groepen met leerlingen van twee leerjaren samen, als dat beter past bij het aantal leerlingen. De kleutergroepen zijn samengesteld uit leerlingen van leerjaar 0 - 1 - 2. De 8 leerjaren zijn verdeeld in twee delen: de onderbouw (leerjaar 1 tot en met 4) en de bovenbouw (leerjaar 5 tot en met 8). Elke bouw heeft een eigen adjunct-directeur die leiding geeft aan dit team.
